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Séminaire du CMLA : Analyse de trajectoire en dynamique moléculaire : méthodes de re-simulation et d'estimation
le 12 avril 2018
12h00 - 13h00
Séminaire animé par Sharad Goulam-Abas (équipe BiMoDyM, CMLA)
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Plus particulièrement, il est pertinent d'identifier les conformations stables de certaines protéines, i.e. dans lesquelles elles resteront pendant une plage de temps significative, et qui correspondent à des minimas locaux de l'énergie du système. La connaissance de ces états stables permettrait ainsi de mieux connaître les réactions chimiques envisageables, notamment du point de vue pharmacologique (ex : nouveaux médicaments).
Cependant, les logiciels couramment utilisés en dynamique moléculaire (ex : GROMACS) simulent un système complet (protéine, molécules d'eau, ions, etc) et ne permettent pas l'accès à l'énergie du sous-système que constitue la protéine seule.
D'autre part, outre l'absence d'une définition de la stabilité d'un état, les méthodes mathématiques existantes (ex : RMSD, RMSF) ne permettent ni la quantification pertinente des différents états, ni le rejet d'artefacts.
Enfin, la durée de simulation de telles trajectoires étant importante (de l'ordre de la semaine ou du mois pour 1 micro-seconde selon le système d'étude), tester la stabilité des bassins conformationnels par des méthodes statistiques est impossible.
Après un rappel du contexte et des méthodes de simulations utilisées, on présentera en première partie une méthode de re-simulation des données observées dans le cas d'une dynamique de Langevin (dérive issue d'un potentiel).
Dans une seconde partie, on présentera un travail de modélisation effectué sur les données réelles via l'analyse des variations quadratiques (identification de différents régimes selon le pas temporel d'échantillonnage : EDS ou EDO), puis une méthode d'estimation de dérive et de diffusion en régime EDS, qui nécessitera au passage la définition d'un critère de stabilité des bassins conformationnels observés.
- Type :
- Séminaires - conférences
- Lieu(x) :
- Bâtiment Cournot, 1er étage, salle C103
INSCRIPTIONS
Un buffet est prévu suivant l'exposé. Merci de vous inscrire à l'adresse suivante avant le mardi 10 avril à 11h.
Merci d'inscrire également vos invité.e.s pour qu'il y ait suffisamment de sandwiches/salades pour tout le monde !
Merci d'inscrire également vos invité.e.s pour qu'il y ait suffisamment de sandwiches/salades pour tout le monde !